Os cursos possuem uma metodologia voltada para a formação em serviço. Cada semestre letivo é constituído pelas seguintes etapas:

Etapa de Planejamento e Formação

Em decorrência das especificidades dos cursos, é preciso que os profissionais que neles atuam compartilhem suas experiências, reorientem suas práticas, enfim, aperfeiçoem o seu fazer pedagógico para atender aos estudantes indígenas de diferentes etnias. A formação dos profissionais que atuam como docentes nos Cursos de Licenciatura ocorre sempre antes do início de cada período de atividades presenciais, denominada de “Etapa de Planejamento e Formação”. Dela participam, além da equipe coordenadora dos Cursos, os docentes e assessores que atuarão durante o semestre letivo. Tem duração média de uma semana (40 horas), objetivando debater e planejar os conteúdos e as estratégias a serem adotadas durante o período letivo.

Sendo assim, a Etapa de Planejamento e Formação é parte fundamental dos cursos, quer por responder às demandas inerentes a cada período letivo, quer por formar e disponibilizar em nossas instituições um quadro de docentes e assessores especializados em educação escolar indígena.

Etapa de Estudos Presenciais

De caráter presencial e trabalho intensivo, a Etapa de Estudos Presenciais ocorre semestralmente, nos meses de janeiro/fevereiro e julho/agosto, coincidindo com o período de férias e recessos escolares dos cursistas. As etapas presenciais acontecem nos Campi Universitários da UNEMAT, onde são ministradas 210 horas-aula, distribuídas em 08 horas diárias de estudo, além de atividades complementares realizadas no período noturno. Esta etapa tem como objetivo a reflexão acerca dos processos pedagógicos que compõem a práxis escolar e os conteúdos das diversas Áreas de Conhecimento que integram o currículo dos cursos.Cada semestre letivo possui uma temática central sobre a qual são desenvolvidos os conteúdos curriculares das três áreas de estudo. São as seguintes temáticas centrais da etapa básica: 

• Gênese,
• Tempo,
• Espaço,
• Sociedade,
• Território e,
• Autonomia.

Etapa de Estudos Cooperados de Ensino e Pesquisa - Intermediária

Consiste na etapa que ocorre nos períodos intermediários entre uma etapa intensiva e outra, possibilitando aos cursistas conciliarem suas atividades docentes na escola com as atividades do curso de formação (preparo de seminários, leituras, pesquisas, exercícios). Desse modo, a práxis docente e o processo de formação ocorrem simultaneamente, num contínuo exercício de comunicação dialógica.

No decorrer dessa etapa, a equipe de docentes e técnicos da faculdade visitam as escolas das aldeias, realizando orientações pedagógicas das atividades que foram indicadas para serem feitas nas aldeias.